实验室废水处理时一定要按照试验室实验操作来进行，过程尽量要简单、经济、实用。如果实验室废水不能够得到有效的处理。对环境及人类的健康会产生一定的危害。在化学试验室中针对废液处理有如下原则：分类收集、集中处理、定期检查、定点贮存、安全排放等原则。要避免实验室各种废水的污染，首先应该是预防，而不是排除。
1、实验工作区域的严格划分
各个实验区域要有明显的标记（如醒目的门牌或不同地面颜色等），以避免各个不同实验区域设备物品、试剂等发生混淆。
2、合理的系统设置
合理的空调通风系统设置，尽量采用全送全排的空调系统;严格的气流压力控制，保证不同的实验区内不同的压力要求。
3、规范的操作
临床基因扩增检验实验室的技术人员必须进行上岗培训，在实验操作过程中，操作者必须戴手套，并经常更换。清洁工作及时、正确。实验工作结束后，必须立即对本区进行清洁。
4、严格的管理
严格控制进出实验室的人员，在各个实验区域使用带有明显标注的工作服（如不同颜色），减少在实验区不必要的走动以减少交叉污染的可能性。特别是扩增产物分析区是最主要的扩增产物污染源，废水不能在实验室中倾倒，必须经消毒浸泡后再远离实验室的地方统一分类收集后统一处理。
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